Liviu Pop este cunoscut pentru rolul în mușamalizarea cazului de plagiat a lui Victor Ponta.
Astfel, Consiliul Național de Atestare a Titlurilor, Diplomelor și Certificatelor Universitare (CNATDCU), a decis, în ședința din 29 iunie 2012, că fostul premier a plagiat în lucrarea sa de doctorat, fiind propusă atunci Ministerului Educației retragerea titlului de doctor. Președintele Consiliului General al CNATDCU, Marius Andruh, declara că a fost analizată, pagină cu pagină, o lucrare de 307 pagini, constatându-se că 85 dintre acestea sunt copieri fără indicarea sursei, foarte ușor de detectat.
Liviu Pop, care a asigurat interimatul la conducerea Ministerului Educației, a emis, înaintea ședinței din 29 iunie, un ordin de reorganizare a CNATDCU și a susținut că acest for nu are competență să ia decizii legate de doctoratul lui Ponta.
Totodată, Pop afirma că de problemele de plagiat se ocupă Consiliul Național de Etică, acesta fiind singurul care poate rezolva problema posibilului plagiat al premierului.
De asemenea, Liviu Pop a schimbat în 2012, prin ordin de ministru, și componența Consiliului Național de Etică, chiar înainte ca acesta să se pronunțe în cazul Ioan Mang. Potrivit legislației, Consiliul Național de Etică era cel care delibera în cazurile de plagiat și a fost cel care a dat verdictul de neplagiat în cazul fostului premier Victor Ponta și, o săptămână mai târziu, și în cazul Laurei Codruța Kovesi.